申博APP下载的起源可以追溯到1592年11月12日通过教皇直接干预建立的学院Melitense. 这所学院是由耶稣会士在其他地方建立的学院的基础上经营的被称为"外部学院", 为非耶稣会学生提供服务. 被教皇庇护四世的教皇公牛所杀, 日期是1561年8月29日, 后来又被教皇格里高利十三世的牛所证实, 日期是1578年5月9日, 耶稣会士被授权授予哲学总督和神学博士学位. 然而, 奠基契约规定除了哲学和神学, 其他科目，如语法和人文学科也应该教授.
随着1675年鼠疫的消退, Grandmaster Nicolò Cotoner任命Fra Dr Giuseppe Zammit为1676年10月19日Sacra Infermeria解剖学和外科的“信主”. 许多人认为，在骑士团的医院中，这种将医学教学正规化的尝试是申博APP下载医学院的开始. 扎米特继续在岛上建立了第一个医学图书馆，并在圣埃尔默堡的一个沟渠里建立了一个草药花园.
在1768年耶稣会从申博APP下载被驱逐之后, 特级宗师平托挪用了其在岛上财产的所有收入，目的是建立一个“Pubblica Università di Studi Generali”. 1769年11月22日，平托签署了成立大学的法令, 已经得到教皇简报的授权, “Sedula罗姆人Pontifici”, 1769年10月20日收到. 1771年5月25日，医学院成立，作为大学的一个院系. 在大学成立之初, “医学学院的校长”是外科医生米开朗基罗·格里玛，他也是医学院解剖学和外科的联合主席, 医学教授则是乔治·洛卡诺.
这所大学的第一任校长是Servites骑士团的Roberto Costaguti神父，他在前几年以传教士的身份而闻名. 一些其他的外国教授被请来帮助建立大学，并于1771年6月就职. 他们都住在以前的耶稣会学院. 看来，医学院是唯一一个完全由当地教师组成的学院, 这个传统延续了几个世纪.
一等大师平托去世后不久，他的继任者, 大师西曼乃斯, 作为一项经济措施，减少主席人数并驱逐所有外籍申博APP下载. 1798年6月18日，拿破仑在申博APP下载登陆五天后废除了大学，在短暂的法国政权间歇期，正式的大学教学结束了. 幸运的是, 在法国人被迫离开几周后, 鲍尔爵士重建了牛津大学，并任命F.X. 卡鲁阿纳于1800年10月28日被逮捕，以表彰他在反抗法国的起义中所做的贡献.
首任校长由总督托马斯·梅特兰爵士任命, 在英国主权之初, 是多米尼加人吉罗莫·英格洛特神父吗, 哲学教授. 在英国时期，大学经历了一系列的法规和规章的变化，使其与英国的大学保持一致. 现在的盾徽和座右铭“Ut frutificemus Deo”是由教区长于1923年3月1日提出的, 蒂米斯托克利斯·扎米特爵士教授. 在1937年到1974年间, (当申博APP下载成为共和国时)大学申请并获得了在其标题中使用“皇家”一词的权利.
1771年以来历任校长名单.
第二次世界大战之后，图书馆和支助结构得到了加强. 埃文斯实验室于1959年开放，在瓦莱塔的老骑士医院附近安置科学学院，在瓜达曼吉亚的圣卢克医院附近的新医学院大楼于1968年开放. 与此同时，米西达新校区举行了落成典礼.
机械与电气工程学院(现, 工程学院)和教育学院成为大学的一部分，当前理工学院(也被称为申博APP下载艺术学院), 科学和技术)被纳入其中.
